Korrekt, der Tunnel wird dann nicht mehr benötigt. Dafür entsteht dann etwas östlich vom Ostkreuz (zwischen Bahnhof Ostkreuz und der Brücke Karlshorster Straße) eine Bogenbrücke für die aus Erkner kommenden Züge der S3.

Diese Bogenbrücke überspannt dann die Gleise der von und nach Lichtenberg fahrenden Züge der S5, S7 und S75.

@Caroline:

Infos und Illustrationen zum neuen S-Bhf Warschauer Str. in folgendem PDF auf Seite 17: http://www.deutschebahn.com/site/shared/de/dateianhaenge/infomaterial/bauprojekte/broschuere__das__neue__ostkreuz.pdf

ich wohne auch an der Warschauer Strasse hab aber noch nie die Nachtzüge fahren sehen. Wie soll den der Bahnhof mal aus sehen? Gibt es da irgendwo Bilder?
wenn ich mich recht erinnere gab es früher oben an der Strasse mal ein Gebäude.

Das Gleis rechts neben dem Zaun…
Von der Modersohnbrücke und im Ostkreuz kann man gut sehen, dass dieses Gleis durchgehend befahrbar ist. Hinter dem Ostkreuz wird dieses Gleis dann mit einer Weiche an das S-Bahn-Gleis angebunden, bis Lichtenberg fahren die Nachtzüge dann auf den S-Bahn-Gleisen.
Die Züge kann man beispielsweise morgens gegen 8:45 und abends gegen 18 Uhr fahren sehen.

Welches Gleis denn? Im Bild 3 oben sieht man doch, dass das hübsch durch einen Zaun getrennt ist. Die Bauarbeiten finden doch daneben statt.

Da diese Bauarbeiten eng mit dem Umbau des Ostkreuzes verbunden sind, konnte es nicht eher losgehen. Solange an den vorderen beiden Bahnsteigen (von und nach Lichtenberg) noch S-Bahnen hielten, konnten diese nicht abgerissen werden.

Die stehen da nicht rum, sondern werden dort gewartet und für die nächste Fahrt vorbereitet. Das heißt, die Nachtzüge fahren jeden Morgen von Lichtenberg in das ehemalige RAW und abends wieder zurück.
Das soll auch so bleiben. Macht nebenbei die Bauarbeiten kompliziert, weil auch während des Umbaus immer ein Gleis dafür vorhanden sein muss.